Изменение уровня озера Иссык-Куль обусловлено изменением приточности всех рек. В период 1942–1972 годы приточность всех рек составляла 118 м3/с, а в период 1973–2008 годы – 128 м3/с. Увеличение притока в озеро Иссык-Куль в последний период на 8,5 % можно отнести за счет увеличения ледникового стока. С 2011 года по 2021 год произошло снижение уровня озера на 0,95 м, что обусловлено как климатическими, так и антропогенными факторами. Так, в течение всего года только 30 рек питают озеро в связи с забором воды на орошение.
Прогнозируется, что площадь озера Иссык-Куль уменьшится на 232–1049 кв.км, а уровень снизится на 5,1–27,5 м по отношению к 2000 году в зависимости от принятых климатических сценариев, а озеро Чатыр-Куль превратится в ежегодно пересыхающий небольшой водоем.
Анализ изменения атмосферных осадков, температуры воздуха показывает значительность уже наблюдаемых климатических изменений на территории Кыргызстана. В 70-ые годы на территории республики насчитывалось 8 164 ледника общей площадью 7 944,2 км2, в том числе: 6 719 ледников размером более 0,1 км2, общей площадью 7 866,6 км 2 и 1 445 ледников размером менее 0,1 км2, общей площадью 77,6 км2 18.
По данным Центрально-Азиатского института прикладных исследований Земли за 70-летний период общая площадь оледенения сократилась на 16 %, площадь крупных ледников – на 17 %, в то время как площадь небольших ледников увеличилась в два с половиной раза.
Общее количество ледников увеличилось на 22 %, что связано с общей деградацией оледенения, приводящей к сокращению количества крупных ледников и их распаду на отдельные части (менее 0,1 км2). К 2100 году могут сохраниться ледники лишь в наиболее высокорасположенных районах.
Как следствие, к 2100 году речной сток существенно снизится – до 30–43 % в бассейне реки Карадарья, в южной части Ферганской долины – до 27–48 %, в бассейне реки Амударья – 28–56 % стока 2000
года.
Ожидаемое изменение внутригодового режима рек: прохождение волны половодья в более ранние сроки, более раннее наступление и длительный период межени.
По данным Службы водных ресурсов при Министерстве сельского хозяйства Кыргызстана водные ресурсы, формируемые на территории Кыргызской Республики, используются на 20–25 %, остальной сток поступает на территорию соседних государств: Казахстан, Китай, Таджикистан и Узбекистан.
Хозяйственно-питьевое водоснабжение составляет 3 % от общего объема водозабора. Основной объем водных ресурсов – порядка 93 % используется на орошение сельскохозяйственных культур. Водопотребление в производственных целях не превышает 4 %, наиболее высокий уровень отмечается в городе Бишкек.
Степень использования запасов месторождений подземных вод не превышает 23–43 %.
Основной объем пресных подземных вод используется для питьевых и хозяйственно-бытовых нужд населения – 58 %, орошения земель – 24 %, производственно-технического водоснабжения промышленных объектов – 17 %.
Для целей промышленного розлива питьевой воды используется не более 1 % общего водоотбора.